Tentanto fazer o hugo funcionar, baseando-me em: https://gohugo.io/tutorials/github-pages-blog/.
Site de exemplo em: http://spencerlyon.com/hugo_gh_blog/. Fontes do site de exemplo em: https://github.com/spencerlyon2/hugo_gh_blog/.
Update: parece que está funcionando ;) Usando tema type. Fontes em https://github.com/tbrugz/tbrugz-hugo.
Update 2: Acabei migrando pro blogdown, que integra o R markdown ao hugo. Com isso estou usando o tema lithium do Yihui - kudos pra ele pelo knitr, blogdown, printr, …